Nella basilica sono conservati i resti di San Clemente papa (terzo successore di San Pietro), dei santi Ignazio di Antiochia e Cirillo, apostolo degli slavi. Cirillo e suo fratello Metodio, nell’893, evangelizzarono la Moravia e per questo sono particolarmente cari alla comunità della Repubblica Ceca. I due santi contribuirono anche allo sviluppo della letteratura slava.

La basilica attuale fu edificata nel XII secolo, ma nel 1857, il priore P. Joseph Mulloly, effettuando lavori di scavo, portò alla luce l’antica Basilica di San Clemente del IV secolo e un altro livello inferiore con edifici del I secolo.
La modesta facciata barocca è di Carlo Fontana (1638-1714), che per realizzarla utilizzò per il portico ad arcate le antiche colonne di granito.

L’interno della basilica è diviso in tre navate, senza transetto, con un’abside semicircolare; le navate sono separate da colonne romane di marmo e granito con capitelli ionici. Nel catino absidale si trova un meraviglioso mosaico del XII secolo raffigurante il Trionfo della Croce.
Il pavimento intarsiato di marmi policromi è un bell’esempio di stile cosmatesco; il soffitto è a cassettoni con cornici dorate.

Scendendo nei sotterranei, al primo livello, si trova la basilica del IV secolo, con la tomba di San Cirillo. Le pareti sono decorate con importanti affreschi risalenti all’VIII-XI secolo.

Scendendo al livello ancora inferiore, si trovano costruzioni romane di età imperiale e un mitreo, risalente alla fine del II secolo d.C., di cui si conserva un’ara marmorea con la rappresentazione dell’uccisione del toro da parte di Mitra.