La chiesa originaria fu costruita nel IX secolo da papa Pasquale I (775 circa-824) e rimaneggiata varie volte nel corso dei secoli, fino al XIX secolo, quando raggiunse l’aspetto attuale.
Questo luogo, come la basilica di San Clemente, ricorda i santi Cirillo e Metodio, patroni di tutti gli slavi e traduttori della Bibbia in lingua slava grazie al volere di papa Niccolò I (800 circa-867), nell’867.

La basilica non è visibile dalla strada, ma è all’interno di un cortile quadrangolare delimitato da edifici abitativi. La facciata, restaurata negli anni Trenta del secolo scorso, presenta un paramento murario a vista costituito da mattoni. In origine la facciata era coperta da mosaici, dei quali rimangono solo piccole tracce.

La basilica è a tre navate suddivisa da colonne e dai pilastri che reggono gli arconi di rafforzamento, risalenti al XIII secolo. Le grandi arcate trasversali sono decorate da affreschi con Storie della Passione e figure degli Apostoli dei primi del XVII secolo. Al centro del pavimento, un disco di porfido copre un pozzo, ove, secondo la leggenda, Santa Prassede raccoglieva i resti e il sangue dei martiri.

Degni di nota sono i mosaici, che risalgono al rifacimento del IX secolo a opera di papa Pasquale I e che coprono il catino e l’arco absidale, l’arco trionfale.

Capolavoro dell’arte bizantina a Roma, fu fatta edificare da papa Pasquale I come monumento funerario in onore della madre Teodora. All’interno, su fondo oro, sono custoditi splendidi mosaici con figure di santi.

La cripta fu rifatta nella prima metà del Settecento: nel corridoio sono collocati quattro sarcofagi; sull’altare cosmatesco si trova un affresco, rifacimento settecentesco di quello preesistente andato perduto.