Secondo la tradizione le spoglie di Bartolomeo, provenienti da Darae in Mesopotamia, o, secondo altre fonti, da Anastasiopoli in Frigia, giunsero sull’isola di Lipari nel 580 e vi furono conservate sino all’838.

La fondazione del monastero benedettino del “SS. Salvatore” e dell’annessa chiesa risale al 1094, allorché il conte Ruggero d’Altavilla, oltre a fondare il monastero, ne assegnò la reggenza all’abate Ambrogio, già rettore del monastero di Lipari, che per quasi tre secoli aveva custodito le spoglie di san Bartolomeo apostolo. Così, anche la chiesa di Patti fu consacrata a san Bartolomeo.

Nell’838, Sicardo, principe di Benevento, accorso in aiuto degli isolani di Lipari – ove le spoglie del santo si trovavano dall’anno 580 –, minacciati dai saraceni, trasferì le spoglie a Benevento, capitale del ducato. L’aspetto attuale dell’edificio risale al XVIII secolo.

L’imperatore Ottone III, alla fine del secolo X, dispose la traslazione delle reliquie di san Bartolomeo da Benevento all’isola Tiberina, in Roma, ove aveva fatto erigere un tempio dedicato all’apostolo. Importanti interventi di restauro furono eseguiti nel XII secolo e alla fine del XIII. Nel 1642 la chiesa fu di nuovo fortemente rinnovata, mentre ulteriori restauri si ebbero nel XIX secolo. La facciata barocca è a due piani, attribuita a Orazio Torriani o a Martino Longhi il Giovane. La torre campanaria, romanica, risale all’epoca di papa Pasquale II (1099-1118).

Qui, secondo la tradizione, dal 1238 si conserva la calotta cranica dell’apostolo.