Qui anticamente sorgeva un cimitero romano, ove Paolo fu sepolto grazie alle cure di una matrona, Lucina, che mise a disposizione una tomba per seppellirne i resti. Il sito si trova a pochi chilometri dal luogo detto “Tre Fontane”, ove Paolo fu decapitato. La tomba del santo si trova sotto l’altare maggiore.
La basilica originaria, voluta da Costantino, fu ampiamente rimaneggiata sotto il pontificato di Gregorio I (590-604) e assunse l’aspetto che conservò sino al 1823, quando fu in gran parte distrutta da un incendio. Il suo aspetto attuale è frutto del radicale restauro operato tra il 1825 e il 1858, allorché fu nuovamente consacrata.
La chiesa, di origine antichissima, fu riedificata nella sua forma attuale alla fine del XVII secolo. Paolo, giunto a Roma per appellarsi al giudizio dell’imperatore in quanto cittadino romano, soggiornò in questo luogo, all’epoca facente parte del quartiere ebraico della città, trasformato in oratorio e poi in chiesa nel IV secolo.
La chiesa sorge all’interno del complesso trappista dell’Abbazia delle Tre Fontane lungo la via Laurentina, a Roma, nel luogo dove, secondo la tradizione, Paolo subì la decapitazione. Nella sua forma attuale l’edificio risale al 1599, ma un luogo di culto esisteva già nel V secolo. La lapide all’ingresso recita: “S. Pauli Apostoli Martyrii Locus Ubi Tres Fontes Mirabiliter Eruperunt” (Luogo del martirio di san Paolo apostolo dove tre fonti sgorgarono miracolosamente). Secondo una leggenda, infatti, la testa di Paolo, cadendo, sarebbe rimbalzata tre volte facendo miracolosamente sgorgare le tre fontane, presenti all’interno della chiesa.
Fonti apocrife narrano che da Roma, scagionato dalle accuse, Paolo riprese i suoi viaggi spingendosi sino in Britannia, ove predicò sul monte Lud, l’attuale Ludgate Hill, a Londra, sito dell’odierna Cattedrale di san Paolo. Chiesa madre della Diocesi Anglicana di Londra, è considerata il capolavoro dell’architetto Christopher Wren ed è il secondo edificio religioso per dimensioni dopo la Basilica di san Pietro in Vaticano.