Fu costruita come martyrion, un edificio di culto innalzato sul luogo del supplizio di un martire. Nel VI secolo fu ricostruita per volontà di Giustiniano sulla base del modello della Chiesa dei santissimi Apostoli di Costantinopoli. Era sormontata da una cupola, come le grandi basiliche bizantine. Oggi ne rimangono pochi resti.

Il tempio sorge nel luogo tradizionalmente indicato come quello del tentato martirio di san Giovanni nel 92, sotto Domiziano, quando l’apostolo sopravvisse all’immersione in una vasca di olio bollente. Sul luogo fu eretta, intorno al V secolo, la Basilica di san Giovanni a Porta Latina e un martyrion, noto come san Giovanni in Oleo cioè “nell’olio”. L’edificio subì un radicale rimaneggiamento nel XVI secolo, mentre la copertura risale alla metà del XVII secolo, forse su disegno del Borromini.

L’edificio sorge nei pressi dell’Oratorio di san Giovanni in Oleo, dove san Giovanni, secondo la tradizione, fu suppliziato mediante immersione in olio bollente. La basilica risale alla fine del IV secolo, ma subì diversi rimaneggiamenti fino al XVII secolo.

È una delle basiliche più importanti della cristianità. Sorse nel IV secolo nei cosiddetti Horti Laterani, antichi possedimenti dell’antica famiglia romana dei Laterani, divenuti poi proprietà di Costantino, il quale li donò al vescovo di Roma. Dopo numerosi rimaneggiamenti, la basilica, già dedicata al santissimo Salvatore e a san Giovanni Battista, nel XII secolo fu dedicata anche a san Giovanni Evangelista. Del tutto eccezionale è il fatto che l’attuale edificio abbia conservata pressoché intatta la pianta della primitiva basilica costantiniana a cinque navate, e che i muri perimetrali coincidano più o meno con gli attuali. L’odierna facciata, su progetto di Alessandro Galilei, fu costruita nel 1732.

La decorazione architettonica dell’abside è successiva alla data di costruzione della basilica.